Ninjutsu é qualquer técnica que use manipulação de Chakra para ser realizada, e é a mais tradicional das artes ninja. Geralmente precisam de selos manuais (que moldam o Chakra em formas específicas) e muita concentração para funcionarem com eficiência. Quanto maior for a experiência do Shinobi (Ninja), mais rápida é a velocidade da técnica, e às vezes o uso de selos se torna desnecessário.

Alguns ninjutsus podem ser classificados como ninjutsus elementais, quando usam um elemento específico:

• Doton (Elemento Terra); Ex. Doryuuheki no Jutsu
• Suiton (Elemento Água); Ex. Suijinheki no Jutsu
• Katon (Elemento Fogo); Ex. Goukakyuu no Jutsu
• Fuuton (Elemento Vento); Ex. Rasenshuriken
• Raiton (Elemento Trovão); Ex. Chidori

Além desses, existem Combinações de elementos que só podem ser utilizados através de kekkei Genkai (Linhagem Sangüínea Avançada) ou pelos Bijuu's:

• Mokuton(Madeira) - Água + Terra;
• Hyouton(Gelo) - Água + Vento;
• Youton(Lava) - Fogo + Terra;
• Shouton(Cristal) ???
• Raton(Tempestade) - Trovão + Água;
• Jinton(Poeira) - Vento + Terra + Fogo;
• Futton(Ácido) - Água + Fogo.
• Bakuton(Explosões) ???
• Shakuton(Calor) ???